La République fédérale d’Allemagne a renoué le 28 août 1991, huit jours après le recouvrement de l’indépendance de l’Estonie, les relations diplomatiques avec ce pays. Depuis cette date, les relations bilatérales n’ont cessé de se développer de manière très positive. Le dialogue politique est intensif et empreint de confiance. Grâce au réseau de contacts établis à l’échelon de la Fédération, des Länder et des communes ainsi qu’à travers les initiatives privées, les relations entre les deux pays reposent sur une large assise sociale.

Les moments forts des relations bilatérales ont été la visite en Estonie du président fédéral Roman Herzog, les 15 et 16 mai 1998, et du chancelier fédéral Gerhard Schröder, les 5 et 6 juin 2000, ainsi que la visite d’État en Allemagne des présidents estoniens Lennart Meri, du 7 au 10 novembre 2000, et Arnold Rüütel en juin 2002.

Les Länder (principalement le Schleswig-Holstein, le Mecklembourg-Poméranie occidentale et la Saxe-Anhalt, qui ont un bureau de représentation à Tallinn, Hambourg, la Rhénanie du Nord/Westphalie et la Rhénanie-Palatinat) ainsi que les villes et les cercles jumelés apportent une contribution importante à l’approfondissement des relations germano-estoniennes. L’exemption de visa depuis mars 1999 a par ailleurs considérablement facilité le renforcement des contacts entre les populations des deux pays.

Le processus de réforme économique et politico-social en Estonie a bénéficié jusqu’en 1999 du programme TRANSFORM (à hauteur d’un total de 15,8 millions d’euros pour la période 1994-1999). L’Allemagne joue, à la demande de l’Estonie, un rôle de premier plan dans le programme Twinning financé à partir du programme PHARE et destiné à soutenir les domaines prioritaires en prévision de l’adhésion (notamment la justice et les affaires intérieures). L’assistance-conseil prêtée par l’Allemagne sur le modèle d’une fiduciaire, comme la « Treuhandanstalt », a permis une privatisation rapide de l’économie estonienne.

Les résultats du commerce extérieur germano-estonien au premier semestre 2003 ont atteint un montant de 551 millions d’euros. Après le recul dû à la crise russe et asiatique en 1999, les échanges commerciaux ont affiché en 2000 une hausse de 49 %. Comme pour les années précédentes, la balance commerciale allemande a été excédentaire: les importations en provenance d’Allemagne se sont élevées à 332 millions d’euros (évolution de 18,8 % par rapport à l’année précédente); les exportations en provenance d’Estonie ont atteint un montant de 218 millions d’euros (évolution de 18,1 % par rapport à l’année précédente).

Les exportations de l’Allemagne vers l’Estonie comprennent essentiellement des moyens de transport (surtout des véhicules automobiles), des machines et équipements, des produits chimiques et alimentaires. L’Estonie exporte principalement vers l’Allemagne du bois, des produits de bois, des produits textiles et des métaux.

La coopération culturelle entre l’Allemagne et l’Estonie repose sur l’Accord de coopération culturelle du 29 avril 1993.

Le Goethe-Institut s’est installé à Tallinn en 1998. Cet institut fonctionne en coopération avec l’Institut culturel allemand de Tallinn qui a été créé en 1991 en tant qu’association d’utilité publique. Les deux institutions sont regroupées sous le nom de « Deutsches Kulturinstitut/Goethe-Institut Tallinn (DKI/GI Tallinn) ». Un institut culturel allemand a également ouvert ses portes à Tartu. D’autres organismes culturels allemands comme le DAAD (Office allemand d’échanges universitaires), la Fondation Alexander von Humboldt et la Fondation Robert Bosch sont très actifs en Estonie.

L’allemand est, au même rang que le russe, après l’anglais mais nettement devant le français, l’une des langues étrangères favorites des Estoniens. Depuis l’année 1997/1998, Tallinn a un lycée avec une section d’allemand. La délivrance de ces diplômes est basée sur l’Accord scolaire germano-estonien qui a été solennellement signé à Tallinn en juin 2002.