L’Université de Vilnius a été fondée en 1579. La bibliothèque de l’Université existe depuis 1570 et totalise aujourd’hui trois millions de volumes. Un observatoire ancien est contigu à la bibliothèque.

La date de fondation de cette université remonte à 1578, date à laquelle le roi de la République des Deux Nations, Étienne Bathory, transforme l’ancien collège jésuite créée en 1570, en « Académie » (de langues latine et polonaise). L’université reste alors dirigée par les jésuites.

Après la suppression de la Compagnie de Jésus en 1773, l’université passe sous le contrôle du gouvernement polonais, précisément de la Commission de l’éducation nationale créée en 1773. Après le troisième partage de la Pologne en 1795 qui la place sous l’autorité de la Russie, l’université devient le ministère de l’Éducation pour les provinces polonaises annexées à l’Empire. Jusqu’en 1823 c’est le prince Adam Czartoryski qui dirige cette institution. Après le soulèvement polonais de novembre 1830, elle est soumise à la russification. Elle redevient brièvement polonaise (1918-1939), puis de passe sous la coupe de l’occupant soviétique (1940-1990).

La bibliothèque universitaire fondée en 1570, a été désignée en 1965 comme bibliothèque de dépôt de l’Organisation des Nations Unies ; elle recueille également les documents de l’UNESCO. Elle conserve actuellement 5 300 000 publications.

C’est actuellement la principale université de la République de Lituanie redevenue indépendante.