Autre domaine digne d’intérêt en Estonie : l’architecture.

Traditionnellement, les paysans estoniens habitaient des maisons de rondins à toit de chaume (rehielmü) composées de trois parties ; au centre du bâtiment on trouvait la salle principale où habitait la famille et où séchait le grain, sur l’un des côtés était située la pièce à battre le grain, alors que de l’autre était la pièce d’été utilisée comme remise l’hiver.

Le sauna se trouvait dans une cabane dans le jardin et servait également de salle d’accouchement et de chambre pour les malades. Les exploitations étaient généralement groupées en villages mais un tiers d’entre-elles demeurait néanmoins isolé dans la campagne.

En ville, bien que depuis le Moyen-age l’influence de l’Allemagne du Nord se soit révélée dominante, celle-ci, sous l’emprise de l’atmosphère locale, avait subi des inflexions originales. Tallinn, Tartu, Narva et Kuressaare conservent en particulier dans le domaine religieux et militaire de remarquables exemples de ce gothique allemand de la baltique si particulier par son caractère austère et élégant à la fois. Saaremaa est célèbre pour ses églises du XIVe siècle en pierre locale sculptée de Saaremaa (Sauremaa dolomüt).

Construits au XVIIe et XVIIIe siècle, les beaux immeubles ont notamment appartenu aux guildes marchandes allemandes. Le XIXe siècle a laissé dans de nombreux quartiers de beaux bâtiments de maçonnerie parfois de type Jugendstü, mais la plupart des édifices de cette époque sont en fait des constructions de bois peintes de couleur marron ou verte.